El proceso judicial contra la exautoridad académica deviene de las denuncias periodísticas presentadas en 2015 que revelaron un esquema masivo de corrupción, nepotismo y asignación irregular de rubros docentes. El detonante principal involucró a su entonces secretaria privada, Tatiana Cogliolo, quien percibía haberes millonarios como profesora de la Facultad de Ciencias Veterinarias sin contar con el perfil académico correspondiente, beneficio que también alcanzaba a su entorno familiar. Las revelaciones desencadenaron la toma del campus universitario y la posterior caída del rector.
Froilán Peralta fue condenado en agosto de 2022 tras comprobarse un perjuicio patrimonial a la institución de G. 1.154.401.733. Luego de que la sentencia quedara firme, el exrector permaneció prófugo hasta entregarse a la Justicia el 9 de noviembre de 2023. Inicialmente ingresó a un establecimiento penitenciario, pero desde el 21 de febrero de 2024 cumplía la medida mediante arresto domiciliario al verse beneficiado con el régimen por superar los 70 años de edad.
Pese a dar por finalizada la sanción privativa de libertad, la salida de Peralta de la órbita penal no cierra de forma definitiva las derivaciones del caso. La Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia destrabó en enero de 2026 la etapa de reparación del daño patrimonial, disponiendo que un Tribunal de Sentencia ordinario tramite la demanda del Estado para recuperar más de G. 1.200 millones relacionados con el desvío investigado.
Con el cumplimiento de los cómputos procesales establecidos por el juzgado de ejecución, concluye la condena del exfuncionario, aunque se mantiene abierto el frente civil sobre la restitución de los fondos públicos afectados.
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